Завершенная в декабре 2009 года проверка показала, что регламент Роскосмоса не был зарегистрирован в Министерстве юстиции. Ряд своих функций агентство выполняло вообще без регламента. Кроме того, Роскосмос незаконно передал некоей подведомственной организации часть своих функций по сертификации космической техники, распоряжению бюджетными средствами и размещению государственных заказов. При этом проверяющие заметили, что в целом агентство плохо контролировало деятельность подотчетных ему организаций.

Также установлено, что федеральное агентство незаконно забрало у подведомственного предприятия "Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры" около 200 работников. Эти люди трудились на Роскосмос, в то время как платить зарплату им продолжало предприятие. Данные сотрудники фактически исполняли обязанности госслужащих, хотя при их назначении не учитывались нормы закона "О государственной гражданской службе".

В адрес руководителя Роскосмоса внесено прокурорское представление об устранении нарушений.