"Союз" получил команду на отстыковку от МКС в 13:00 по московскому времени. Корабль отделился от станции через три минуты. Далее "Союз" совершил короткий перелет на расстояние 30 метров от МКС, стабилизировал свое положение, облетел станцию и подошел к стыковочному модулю "Поиска". Стыковка была проведена по команде с Земли.

Движениями космического корабля управлял космонавт Максим Сураев, известный своим блогом, который он ведет с орбиты. Кроме него на борту "Союза" был астронавт Джеффри Уильямс. После стягивания корабля и станции и проверки герметичности стыковки будет открыт переходный люк между "Союзом" и новым модулем МКС. Ожидается, что это произойдет в 16:30-16:50 по московскому времени.

Решение проводить перестыковку не в автоматическом, а в ручном режиме в ЦУП объяснили желанием сэкономить топливо. При проведении маневра в автоматическом режиме "Союз" отдалился бы от станции на сто метров.

Место стыковки "Союза ТМА-16" было изменено для того, чтобы обитатели МКС могли провести коррекцию орбиты станции. Это мероприятие потребует включения двигателей на модуле "Звезда", и космический корабль мешал бы его проведению. Коррекция будет осуществляться в два этапа - 22 и 24 января. Маневр необходим для создания оптимальных условий при будущих стыковках станции с грузовыми и пилотируемыми космическими кораблями.